豪华别墅发现一个漂亮女孩的尸体，刑警队长郭子健带队赶到现场。经查证：死者何小雨，新婚；令其致命的凶器是家中的刀具一把，没有丢失财物，也没有盗窃和打斗迹象。人人看到她丈夫五友安不久前与小雨发生激烈冲突然，五友安无法证明案发时不在现场，成为重要嫌疑人。小雨的尸体报告揭示出令人震惊的事实。死者是经过变性手术之后由男人变成女性，而且生前曾遭遇性侵。　　一波未平，刑警队又接到报案：市郊的鱼塘边发现一名女性的尸体。经检验死者胃中有大量烈性安眠药，衣服上留有精斑。在死者的办公室刑警队发现了遗书，遗书中声称其是被顶头上司

本片以近年来发生的十二起影响特别重大、案情复杂、侦破难度极大并成功侦破的刑事案件为背景，以纪实的风格、艺术地再现扑朔迷离，惊心动魄的侦查缉捕过程。故事讲述阀门厂老板周成龙失踪一天后，被人发现死在上村路一幢住宅内。死者的弟弟在案发后不知所踪，嫌疑重大。副队长诸葛智在案情调查中发现，死者刚离异的妻子周丽芳竟是自己的初恋女友，没想到婚后大款丈夫并没有给她带来几天的幸福。诸葛智认为此案情杀、仇杀的可能性极大，而队长陈海涛认为死者弟弟背后的那帮赌徒不仅有作案动机，也具备作案条件。对此，两种意见各执一词。红鼻子等赌徒

2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中……　　安局长陆啸天（卢奇饰）命刑警支队重案组长刘英来（祝延平饰）率重案组成员姚晃（吴樾饰）、依蔓（李依蔓饰）和飞飞（马丁诺饰）赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道……　　同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚（李槐龙饰）从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰…

林河市公安局局长秘书苏岩未经领导许可参加了一个竞赛类电视节目，并与搭档张秋燕赢得冠军。然而张秋燕却于当晚被人谋杀在家中，现场留下神秘的“黑蚂蚁”。苏岩因而成为嫌疑人，他主动请缨加入刑警队。苏岩结识了死者张秋燕的表姐孙红。孙红和报社编辑薛成正在谈恋爱，而薛成是苏岩在文学方面的笔友兼老师。薛成的姨夫又是孙红的上司。当警方寻找罪犯的时候，新的命案又接连发生，死者都跟孙红有关。而且凶手每次作案后都要拿走一张小额存折并在现场留下黑蚂蚁。其实耿长春早就利用职权霸占了孙红，孙红不想伤害薛成努力回避他，然而薛成却变本加厉