清朝年间，少林与武当都拥有极多高手。少林以反清复明为志，武当派则甘作满清鹰犬，因而两派处于敌对局面，旗人青年童千斤，因自幼是孤儿，遭受同族欺侮，对族人怀恨极深，投身少林寺习武。他联络同门师兄弟胡惠乾等进行反清复明工作，武当派高手为了对付少林弟子，亦派出门下分批下山，与童相遇掀起一场又一场的打斗……

江长与明朝两位太子、顺治大师等人决心反清复明，江长掌握着反清义士的名单。莲花客多次出手保护江长及家人安全。戴莫因嫉妒江长之女与忠阳的恋情，假扮莲花客行凶栽赃真莲花客忠阳，终被忠阳铲除。

故事发生在湖南武冈，南明朝永历皇帝一度偏安于此，以图反清复明。武冈是明朝建国之初由明太祖朱元璋分封的岷国藩王的都城。如今的朱岷王是永历皇帝的皇叔，他见南明大势已去便勾结清兵，被永历皇帝派人暗杀，但朱岷王的头颅不知去见。南明决定继续南撤，为了转移从北京带出的金银财宝（反清复明的资本），永历皇帝决定厚葬朱岷王，铸造黄金头颅入殓，以遮人耳目。天下盗墓贼及土匪云集武冈，明清之间展开了一场角逐。故事的部分情节根据民间传说做了虚构。

故事描述，白莲教主（罗烈饰）武功高功高深莫测，却甘作满清鹰犬，暗中消灭反清志士及破坏重建少林寺计划；洪文定（刘家辉饰）为洪熙官之子，曾击毙白之师弟。白夜洪住的反清志士家，洪护著身怀六甲的友妻（惠英红饰）突围逃走……

清雍正年间，反清志士纷纷起义，图谋推翻满清。雍正皇帝派大内高手纳兰德刚率其秘密杀人组织血滴子，赴扬州剿灭反清组织大明会，在江湖掀起一片腥风血雨。但平静的日子随着大明会黑白护法之一的鬼影修罗朱令策出现而宣告结束。方世玉不满苗翠花对自己的苛刻管教，上少林习武，并同纳兰德凯二人得传少林绝学易筋经，方德因雍正诡计导致天地会对其产生误会，无奈之下自刎以表清白，经历少林苦修后的世玉，继承父亲的侠义。