影片主要讲述了伍四六进京面圣，揭发考试弊案，不料招惹了九门提督阿克占，被他威逼利诱，麻翠姑在寿宴上收到了孤儿院捐款，对阿克占好感徒升。伍四六通过重新笔试，鉴别出作弊者，顺藤摸瓜，很快就要查到阿克占头上……

雍正年间，一个风高月黑的夜晚，奸佞九门提督萨英率领百余清兵突然偷袭朱家庄，纵火破户，蜂拥而入。原来十多年前，忠良年羹尧冤遭萨英诬陷，饮恨而亡，临终将幼子托与部将朱问天抚养，取名朱海仇，及至年长。萨英为免除心腹之患，决计斩草除根，便发动了对朱家庄的洗劫。朱问天被突如其来的劫杀惊醒，仓促带领养子朱海仇、亲子朱汉良及众庄丁竭力拼杀，保护朱海仇突出重围，但朱问天身负重伤，其妻被擒，朱家庄化为一片废墟。惨无人道的萨英将朱问天妻子的头颅高高挑于城外，海仇、汉良兄弟看见，肝肠寸断，发誓一定要为母亲报仇，除掉萨英。但萨英

明成祖朱棣时期，设立秘密军情组织——九门，监察百官，掌控京城人心动向。时至明中期，兵部尚书私藏军饷意图谋反，作为京城最强的秘密刺客组织，九门再次受命调查案件。然而，此次案件盘根错节，事情远远超出众人的想象，就连九门内部的势力也深陷其中......